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人们往往喜欢食用天然鱼，因为养殖鱼的口味要逊于天然鱼。但从DHA的含量来说，养殖鱼要优于天然鱼，因为养殖鱼较肥，脂肪含量高，投喂的饲料中含有大量DHA。
吃鱼时，不同的烹调方法会影响对鱼体内不饱和脂肪酸的利用率。鱼体内的DHA和EPA不会因加热而减少或变质，也不会因冷冻、切段或剖开晾干等保存方法而发生变化。蒸鱼的时候，在加热过程中，鱼的脂肪会少量溶解入汤中。但蒸鱼时汤水较少，所以不饱和脂肪酸的损失较少，DHA和EPA含量会剩余 90%以上。但是如果烤鱼的话，随着温度的升高，鱼的脂肪会溶化并流失。炖鱼的时候，鱼的脂肪也会有少量溶解，鱼汤中会出现浮油。因此，烤鱼或炖鱼中的 DHA和EPA与烹饪前相比，会减少20%左右。炸鱼时的DHA和EPA的损失会更大些，只能剩下50%～60%。这是由于在炸鱼的过程中，鱼中的脂肪会逐渐溶出到油中，而油的成分又逐渐渗入鱼体内的缘故。
想要100%地摄取DHA和EPA的方法首选是生食，其次是蒸、炖、烤。但是没有必要认为吃鱼非得生吃不可，或者绝对不能炸着吃。DHA和 EPA在体内非常容易被吸收，摄入量的60%～80%都可在肠道内被吸收，有点损失不必太在意。毕竟饮食讲究色、香、味俱全，有滋有味地吃，对健康更为有利。
在炸鱼的时候，尽量不要用玉米油及葵花子油，因为此类食用油中含有亚油酸，会妨碍DHA和EPA的吸收。
鱼类的干制品通常是将鱼剖开在太阳下晒干，虽然长时间与空气和紫外线接触，但损失的DHA和EPA可以忽略不计。鱼类罐头产品，根据其加工方法，其营养物质的损失有所不同，烤、炖的做法可保留DHA和EPA的80%。
