益生菌不是保健药物补药或者万能药，对于发育中的正常孩子来说完全没有必要额外补充益生菌。
益生菌主要用于两种情况之下：一种是因为长期使用抗生素，使得抗生素不但杀死了致病菌，同时也杀死了与之同存的益生菌，因此需要补充益生菌以重新建立体内微生态屏障。另一种就是因为腹泻，造成大量的益生菌丢失，失去制约的致病菌或者条件致病菌此时引发疾病，造成肠道菌群失衡，为之补充益生菌，重新建立肠道菌群平衡，维护肠道健康。
即使应用益生菌也是在医生指导之下短期使用，不能长期使用。
长期使用用益生菌会对人体构成潜在的危害。人体长期使用人工合成的益生菌产品，会促使肠道功能逐步丧失自身繁殖有益菌的能力，久之人体肠道便会产生依赖性，一旦患益生菌依赖症，有可能终生都将依靠和使用人工合成的口服益生菌产品来维持生命的健康状态。
而且益生菌的过度使用可能成为孕育超级病菌的新温床。由于许多乳酸菌对抗生素具有多重抗药性，透过与病原菌的共同生活、接触，很可能将自身携带的抗药性基因传递给病原菌，使之获得抗药性而成为超级病菌，导致感染时可能无药可医。其他可能的副作用还包括影响醣类与脂肪的代谢功能以及免疫功能失调等等。
